Neben einer Grundfinanzierung durch die Bundesressorts ist die BfG angehalten, ihre FuE-Tätigkeiten anteilig über Drittmittel im wissenschaftlichen Wettbewerb zu finanzieren. Zu den Fördermittelgebern der Drittmittelprojekte zählen u.a. das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF), die Europäische Kommission (EU) oder die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) sowie das Umweltbundesamt (UBA), die Länder, die Flussgebietsgemeinschaften (FGG), Auswärtiges Amt (AA), die internationale Kommission zum Schutz des Rheins (IKSR) und die internationale Kommission zum Schutz der Elbe (IKSE). Die Drittmittelprojekte besitzen in der Regel einen direkten Wasserstraßen- oder Gewässerbezug. Zusätzlich dienen einige Projekte der Entwicklung neuer Methoden/Modelle und der Steigerung der wissenschaftlichen Expertise der BfG in wichtigen Zukunftsthemen.