Binnen- und Küstengewässer und ihre angrenzenden Auen gehören zu den vielfältigsten, dynamischsten und komplexesten Lebensräumen der Erde. Als „Hotspots“ der biologischen Vielfalt benötigen sie besonderen Schutz. In Deutschland gelten jedoch nur noch weniger als ein Prozent aller Fließgewässer und Auen als natürlich. Binnengewässer und ihre Auen sind topographische Senken in der Landschaft, in denen sich die Auswirkungen hydrologischer und morphologischer Veränderungen, stofflicher und thermischer Emissionen, aber auch klimatische und biologische Stressoren besonders häufig manifestieren. Diese Einflüsse sind durch menschliches Handeln geprägt. Der damit verbundene dramatische Rückgang der Biodiversität beeinflusst auch die Veränderungen der Gewässer und ihrer angrenzenden Gebiete. Dies führt dazu, dass das Ziel des guten ökologischen Gewässerzustandes bzw. des guten ökologischen Potenzials der Bundeswasserstraßen trotz aller Bemühungen nicht erreicht wird.
Die BfG untersucht den Zustand und die Entwicklung der Biodiversität in Gewässern und ihren Auen und erlangt ein holistisches Verständnis der Einflüsse von Steuerungsfaktoren, insbesondere der anthropogen verursachten Belastungen. Daraus werden Prognosen für künftige Entwicklungen der Biodiversität abgeleitet und Konzepte, Strategien und Maßnahmen für ein nachhaltiges Biodiversitätsmanagement zur Erreichung nationaler, europäischer und globaler Biodiversitätsziele entwickelt. Artenreiche Ökosysteme sind nicht nur ein Wert an sich, sondern sie garantieren Ökosystemfunktionen, die für den Menschen eine große Anzahl von nutzbaren Ressourcen zur Verfügung stellen. Diese haben sich als Ökosystemleistungen zu einem Schlüsselkonzept in der Umweltforschung entwickelt. Die Untersuchung der von Gewässern und ihren angrenzenden Auen bereitgestellten Ökosystemleistungen ist daher Gegenstand der Forschung in der BfG.