Biodiversität bezeichnet die Vielfalt der Arten und Ökosysteme sowie deren genetische Vielfalt. Der beschleunigte Biodiversitätsverlust in den vergangenen Jahrzehnten ist hauptsächlich auf die Aktivitäten des Menschen zurückzuführen. Dies gilt auch für die Gewässer. So stellen Veränderungen der Gewässerstrukturen, Schad- und Nährstoffeinträge, das Einbringen und Einwandern invasiver Neobiota und die Auswirkungen des Klimawandels zentrale Einflussfaktoren dar, die für den Rückgang der Biodiversität verantwortlich sind. Mit dem Verlust der Biodiversität geht auch ein Verlust an Ökosystemleistungen der Gewässer einher, die eine essenzielle Grundlage des menschlichen Lebens ausmachen.
Um den Rückgang der biologischen Vielfalt aufzuhalten, hat sich 1992 die Weltgemeinschaft in dem UN-Übereinkommen über die biologische Vielfalt (Convention on Biological Diversity) verpflichtet, auf nationaler Ebene Strategien zum Erhalt der Biodiversität zu erarbeiten. Zudem wurde auf europäischer Ebene die EU-Biodiversitätsstrategie 2030 erarbeitet. In Deutschland entstand die Nationale Strategie zur biologischen Vielfalt mit dem Ziel, den Biodiversitätsverlust unter Berücksichtigung ökologischer, ökonomischer und sozialer Aspekte aufzuhalten. Auch die Deutsche Nachhaltigkeitsstrategie, Bundesprogramme wie das Blaue Band Deutschland oder zum Insektenschutz und nicht zuletzt das deutsche Umwelt- und Naturschutzrecht setzen einen nationalen Handlungsrahmen zur Minderung der Biodiversitätsverluste.
Die vor diesem Hintergrund bestehende gesamtgesellschaftliche Herausforderung besteht in hohem Maße auch für die als Bundeswasserstraßen genutzten Gewässer. Hier gilt es, aktiv innovative Maßnahmen zu entwickeln und umzusetzen, die den angestrebten Erhalt und – wenn möglich – wieder eine Steigerung der Biodiversität herbeiführen. Ein wesentlicher Aspekt dabei ist es, geeignete und möglichst diverse Habitate zu bewahren bzw. wiederherzustellen und die für sie erforderlichen Flächen verfügbar zu machen. Elementare Voraussetzung, um erfolgversprechende Maßnahmen zu ergreifen und die Gewässernutzung nachhaltig auszugestalten, ist die Erweiterung und Vertiefung des Verständnisses der komplexen abiotischen und biotischen Wirkungsbeziehungen im gesamten Gewässerökosystem.