Gewässer und ihre Auen sind Multifunktionsräume. Neben der Nutzung für Schifffahrt, Land- und Forstwirtschaft stellen sie Räume für Siedlung, Industrie und Erholung zur Verfügung. Gleichzeitig können sie Rückzugsräume für selten gewordene und teilweise unter Schutz stehende Pflanzen und Tiere sein, die an ein Leben zwischen Hoch- und Niedrigwasser angepasst sind. Die Sicherung und Wiederherstellung dieser Räume im Sinne eines naturnäheren Zustandes liegt im Fokus der ökologischen Gewässerentwicklung, die aufgrund eines gewachsenen Umweltbewusstseins und einer gesteigerten Wahrnehmung der nutzstiftenden Leistungen intakter Ökosysteme einen hohen Stellenwert besitzt. Richtlinien existieren, die dieses fördern bzw. auch einfordern.
Die EU-WRRL und die Meeresstrategierahmenrichtlinie fordern das Erreichen eines guten ökologischen Zustandes bzw. Potenzials. Die FFH-Richtlinie sichert für die vielen an den Gewässern ausgewiesenen Natura-2000-Schutzgebiete die positive Entwicklung der Erhaltungszustände zu schützender Lebensraumtypen und Arten. Durch das Bundesprogramm „Blaues Band Deutschland“ und mit der Novellierung des Bundeswasserstraßengesetzes und des Wasserhaushaltsgesetzes wurden die Entwicklung eines nationalen Biotopverbunds der Wasserstraßen angestoßen und die Aufgabe des wasserwirtschaftlichen Ausbaus zur Erreichung der Ziele der EU-WRRL in wesentlichen Teilen auf den Bund bzw. die WSV übertragen. Die BfG leistet mit diesem Hintergrund einen wesentlichen Beitrag zur ökologisch orientierten Entwicklung der Bundeswasserstraßen.