In der Planung und Umsetzung von Ausbau- und Unterhaltungsmaßnahmen an Bundeswasserstraßen (BWaStr) berücksichtigt die WSV auch umweltrechtliche Anforderungen. Eine Grundsatzaufgabe der BfG ist es, umweltrechtliche Entwicklungen aufzugreifen und deren rechtssichere Umsetzung durch die WSV zu unterstützen. Hierzu werden entsprechende Arbeitshilfen und Verfahren zur Bewertung umweltbezogener Sachverhalte erarbeitet, die besonders auf die Erfordernisse der WSV abgestimmt sind.

Ein Beispiel sind Umweltleitfäden, welche interdisziplinär in der BfG erarbeitet werden. Bei der Erstellung der Arbeitshilfen wird fachübergreifend und eng mit der WSV zusammengearbeitet, um zu gewährleisten, dass alle fachlichen Aspekte sowie die Anforderungen aus der Praxis in die Produkte einfließen. Zu den Rechtsgrundlagen zählen insbesondere das Gesetz über die Umweltverträglichkeitsprüfung (UVPG), das Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) sowie das Wasserhaushaltsgesetz (WHG), in denen auch europäische Regelungen, wie z. B. die FFH-Richtlinie, WRRL und MSRL, umgesetzt sind.

Die von der BfG erstellten Leitfäden und Arbeitshilfen für den Umweltbereich sind häufig Teil des "BMDV Handbuch Umweltbelange an Bundeswasserstraßen".