Die BfG unterhält drei Fachabteilungen, die sich in insgesamt dreizehn Referate untergliedern. Die drei Z-Referate nehmen Service- und Querschnittsaufgaben wahr und unterstützen so die fachliche Arbeit in der BfG. Das Referat C ist als Stabsstelle für Controlling und Öffentlichkeitsarbeit direkt der Leitung zugeordnet und unterstützt diese bei Steuerungs- und Leitungsaufgaben. Seit 2014 ist das Internationale Zentrum für Wasserressourcen und globalen Wandel (ICWRGC) an der BfG angesiedelt.